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紫外線殺菌消毒優點是沒有殘留和污染，廣泛被食品和飲料等行業所采用。但是，紫外線殺菌能力較弱，穿透能力小，在紫外線照射不到的地方，消毒效果不好；其殺菌能力隨著使用時間的增加而減小，而且，燈管壽命短，更換過于頻繁，運行費用高；紫外線在對水的消毒過程中有催化氧化的作用，容易產生亞硝酸鹽超標。
化學試劑消毒，如高錳酸鉀溶液、甲醛熏蒸等。甲醛熏蒸操作麻煩，時間長，有二次污染物，對人體有一定的危害，作一次甲醛熏蒸需要8個小時，殘留物附著潔凈室的墻壁上和設備的表面上，需要擦除。在消毒后的幾天內，其懸浮粒子數會增加。
加熱消毒包括干熱和濕熱，其缺點是溫度高，能耗大，有的物品如某些原材料，儀器儀表，塑料制品等就不宜加熱。
科學研究表明，臭氧具有強烈的殺菌作用。臭氧（O3）的消毒原理是：臭氧在常溫、常壓下分子結構不穩定，很快自行分解在氧氣（O2）和單個氧原子（O）；后者具有很強的活性，對細菌有極強的氧化作用。臭氧的滅菌原理是：氧化細菌的細胞壁，使細胞內的細胞質流出，殺死細胞內的活性酶，分解遺傳物質DNA和RNA，從而致死病原菌。多余的氧原子則會自行重新結合成為普通氧分子（O2），不存在任何有毒殘留物，故稱無污染消毒劑，它不但對各種細菌（包括肝炎病毒，大腸桿菌，綠濃桿菌及雜菌等）有極強的殺滅能力，而且對殺死霉菌也很有效。另外，在我國衛生部1991年頒布的“消毒技術規范”中，對臭氧的殺菌作用，使用范圍及使用方法都有明確的規定。其中，對臭氧的殺菌作用作了明確的肯定：“4.12.2殺菌作用：臭氧是一種廣普殺菌劑，可殺滅細菌繁體和芽胞，病毒，真菌等，可破壞肉毒桿菌毒素。臭氧在水中的殺菌速度較氯快。”
以上這些都是我們國家的法規，很有效力，也是我們臭氧工作者進行宣傳的依據。對推廣臭氧技術非常有利。
臭氧屬于廣譜殺菌，對大腸桿菌、沙門氏菌、金色葡萄球菌、乙肝病毒、痢疾菌、霉菌、枯草桿菌等都具有強力的殺滅作用。
